Hoạt động thu hoạch lúa nếp để làm cốm truyền thống ở Hà Nội tập trung chủ yếu vào giống lúa nếp cái hoa vàng hoặc nếp non đầu mùa. Thời điểm quan trọng nhất để cốm được dẻo, thơm và có màu xanh ngọc bích đẹp mắt là khi hạt lúa đã vào mẩy nhưng chưa chín hẳn (thường vào khoảng tháng 8 đến tháng 9 Dương lịch). Việc lựa chọn đúng thời điểm là bí quyết đầu tiên, quyết định chất lượng của mẻ cốm.

Quá trình thu hoạch diễn ra nhanh chóng, thường là vào sáng sớm khi sương còn đọng. Người nông dân dùng liềm cắt từng bông lúa một cách nhẹ nhàng, tránh làm hạt lúa rơi rụng. Sau khi thu hoạch, lúa được bó thành từng bó và vận chuyển về nhà. Công đoạn tiếp theo là tuốt lúa thành hạt thóc. Thay vì dùng máy móc, người ta thường tuốt bằng tay hoặc đạp để tách hạt thóc non ra khỏi bông. Phương pháp thủ công này giúp hạt cốm giữ được sự nguyên vẹn và tránh bị vỡ, đảm bảo độ dẻo và hương vị đặc trưng. Thóc nếp non sau khi tuốt sẽ được sàng sảy sạch sẽ, sẵn sàng cho công đoạn rang và giã cốm. Đây là cả một quy trình tỉ mỉ, thể hiện sự tinh tế của người làm cốm.