Sau khi lúa nếp non được tuốt thành hạt, công đoạn tiếp theo và không kém phần quan trọng để làm nên hạt cốm ngon chính là sàng thóc thủ công. Thóc nếp non thu được còn lẫn nhiều vỏ trấu, rơm rạ vụn, và những hạt không đạt chất lượng. Người làm cốm sử dụng các loại sàng, sảy chuyên dụng, thường làm bằng tre hoặc mây đan.

Đầu tiên là công đoạn sàng lọc để loại bỏ các tạp chất lớn như cuống, lá lúa. Thóc được đổ lên sàng và lắc mạnh theo một nhịp điệu nhất định, khiến các vật lớn nổi lên và được gạt đi. Tiếp theo là sảy thóc, một kỹ thuật đòi hỏi sự khéo léo và kinh nghiệm. Người thợ dùng cái nia (hoặc mẹt), hứng thóc và tung nhẹ lên không trung. Dưới tác động của gió (hoặc quạt), những hạt lép, hạt quá non và vỏ trấu nhẹ sẽ bị thổi bay đi, còn những hạt thóc nếp non mẩy sẽ rơi trở lại nia.

Quá trình sàng sảy thủ công này phải được lặp lại nhiều lần cho đến khi hạt thóc sạch bóng, đều tăm tắp, chỉ giữ lại những hạt đạt chuẩn về độ căng mẩy và màu sắc. Sự tỉ mỉ trong khâu sàng thóc đảm bảo rằng mẻ cốm sau cùng sẽ giữ được hương vị tinh khiết, không bị lẫn tạp chất, sẵn sàng cho công đoạn rang và giã cốm tiếp theo.